Футбольный клуб «Краснодар» основан в 2007 году. Инициатором создания и владельцем клуба является Сергей Николаевич Галицкий. В феврале 2008 года ФК «Краснодар» успешно прошел процедуру лицензирования ПФЛ, получил профессиональный статус и право выступать во втором дивизионе, Зона «Юг». На данный момент клуб занимается созданием инфраструктуры, которая станет базисом для дальнейшего развития команды. В ходе сезона футболисты «Краснодара» переедут на собственную базу, где будут созданы все условия для полноценного тренировочного процесса и проживания игроков. Уже в мае начнет работу детская футбольная школа. Первый официальный матч: 12 апреля 2008 года, стадион «Торпедо», г. Таганрог. «НИКА» (Красный Сулин) — «Краснодар» (Краснодар) 0:0 (0:0)
15 января 2009 года, в офис футбольного клуба «Краснодар» пришло официальное письмо из ПФЛ с просьбой сообщить о готовности принять участие в первенстве России по футболу в первом дивизионе в спортивном сезоне 2009 года, в связи с отказом некоторых клубов от участия в первенстве России по футболу в первом дивизионе.
