История барнаульского «Динамо» берет свое начало в 1957-м году. В то время на востоке страны осваивались целинные земли. Особенно преуспели в этом земледельцы Алтая, и, в знак благодарности, в Барнауле было решено организовать показательную футбольную команду целинников. Её поручили сформировать и возглавить молодому тренеру Василию Фомичеву. 2 июня 1957-го года наскоро скомплектованный "Урожай" впервые предстал перед своими зрителями.
С 1960-го года команда стала называться "Темп", и именно под этим флагом были одержаны первые в истории клуба победы в зональных турнирах тогда еще класса "Б" – в 1963-м и 1964-м годах. Руководил командой в этот период В. Фомичев, в атаке блистали Б. Брыкин и А. Федулов. В 1969-м году ведущая футбольная команда края перешла в спортивное общество «Динамо». Под руководством С.Ф. Каминского "Динамо" в 1973-м году заняло 2-е место, а в 1974-м году - стало победителем зонального турнира.
Следующий крупный успех пришел к динамовцам спустя шесть лет: в 1980-м году вновь победа в зональном турнире, достигнутая под руководством заслуженного тренера РСФСР В.С. Фомичева.
В 1981-м году в 4-ю зону, где выступали динамовцы, включили команды Урала, в том числе и недавно прошедших школу первой лиги свердловский "Уралмаш" и пермскую "Звезду", которые не скрывали, что их задачей является победа в зональном турнире. Однако чемпионом вновь стало барнаульское "Динамо" по-прежнему возглавляемое В.С. Фомичевым.
Повышения своего статуса команда добилась по итогам сезона-89, лишь на финише пропустив вперед омский "Иртыш" и иркутскую "Звезду", однако получив право в следующем году играть в Буферной лиге, где собрались лучшие представители третьего эшелона советского футбола.
В новейшей российской истории барнаульское «Динамо» неизменно являлось участником зоны «Восток» второй лиги (позже дивизиона). Клуб, как правило, играл серьезную роль в распределении мест на пьедестале почета в данном турнире, но выиграть соревнования ему долгое время не удавалось. 2007-й год, наконец, принес динамовцам путевку в первый дивизион.
В сезоне-2009 барнаульскую команду возглавляет хорошо известный новосибирским болельщикам Сергей Александрович Иромашвили. В составе команды в этом году играют такие известные футболисты, как Валерий Абрамидзе и Михаил Ашветия.
