Футбольный клуб «Витязь» был изначально основан, как любительский. Статус профессионального он получил только в 2001 году. Годом ранее команда выиграла первенство в третьей лиге, а затем в стыковых матчах за право выхода во второй дивизион обыграла столичную «Нику».
В сеезоне-2001 дерзкий новичок долгое время составлял конкуренцию признанным фаворитам зоны «Центр» и лишь на финише чуть сбавил обороты, финишировав в итоге четвертым. А на следующий год «Витязь» и вовсе стал серебряным призером в своей зоне.
После 8 места в сезоне-2003, признанного провальным, в 2004-м подольчане поднялись на третью ступеньку. На той же самой позиции клуб обосновался и по итогам 2005 года.
В сезоне 2006 года команду принял в прошлом известный футболист столичного «Спартака» Андрей Пятницкий. Обновленный и омоложенный «Витязь» сумел занять лишь 5-е место. Зато через год подольская дружина сумела, наконец, добиться вожделенной цели. Не слишком уверенно начав сезон, «витязи» постепенно набрали крейсерский ход и в итоге опередили ближайших преследователей из Липецка на 10 очков. А в ноябре 2007-го «Витязь» завоевал звание абсолютного победителя второго дивизиона, выиграв турнир победителей пяти зон - Кубок ПФЛ.
Дебютный сезон в первом дивизионе оказался для подольчан весьма непростым. В течение всего турнира команда под руководством легендарного в прошлом защитника Сергея Горлуковича, уже в апреле сменившего на тренерском мостике Мухсина Мухамадиева, вела отчаянную борьбу за выживание и в итоге преуспела в ней. «Витязь» финишировал на достаточно высоком 11 месте, но отрыв от зоны вылета составил всего 1 очко.
Перед началом нынешнего сезона клуб возглавил Сергей Балахнин, долгое время игравший и работавший в Ростове-на-Дону. Тренером вратарей стал его родной брат Александр, выступавший в свое время в составе «Кубани». Команду пополнили 10 игроков, самым известным из которых является 27-летний защитник Антон Рогочий, ранее защищавший цвета «Ростова» в премьер-лиге и даже вызывавшийся в сборную страны.