Владикавказский «Спартак» добился права выступать на самом высоком уровне еще в союзные времена, так что новосозданный российский чемпионат команда по праву начала в высшей лиге. Сезон-1992 удался коллективу из Северной Осетии на славу: по его завершении спартаковцы примерили комплект серебряных медалей. В двух последующих первенствах владикавказцы останавливались в непосредственной близости от пьедестала почета, но временное отступление, как оказалось, лишь предваряло качественный прорыв клуба к вершинам.
В 1995-м году «Спартаку-Алании» удалось то, что считалось в то время утопией – бросить вызов бессменному чемпиону России московскому «Спартаку». Воспользовавшись слабым стартом безоговорочного фаворита, ведомая Валерием Газзаевым команда, за которой стояла, по сути, вся республика Северная Осетия во главе с ее президентом Асхарбеком Галазовым, прочно оккупировала первую строчку турнирной таблицы. В рядах владикавказцев блистали Хапов, Шелия, Касымов, Яновский, Сулейманов, Канищев, клуб играл в яркий, зажигательный футбол. Запоздалый спурт московских одноклубников во второй половине первенства и отчаянная погоня, организованная «Локомотивом» были уже не в состоянии помешать команде Газзаева завладеть чемпионским титулом.
На следующий год от владикавказцев ждали развития успеха. Однако на финише чемпионата команда потеряла важные очки, и свое право называться сильнейшим российским клубом «Алании» (уже без «спартаковской» приставки) пришлось отстаивать в «золотом матче» с «пионерским отрядом» Георгия Ярцева – обновленным московским «Спартаком». В кульминационный момент решающего поединка владикавказцы дрогнули, и победа в итоге досталась конкурентам…
После переизбрания президента республики «Алания» не могла пожаловаться на избыточное внимание к ней со стороны властей, и все-таки позиции команды в высшем дивизионе еще выглядели довольно прочными. В частности, хороший сезон владикавказцы выдали в 1999-м году, когда на острие атак клуба солировал грузинский бомбардир Георгий Деметрадзе, чью роль в завоевании 6-го места в том чемпионате переоценить крайне сложно. Но постепенно неразбериха в руководящих структурах команды и, как следствие, частые тренерские рокировки и непродуманная селекционная политика привели к тому, что некогда грозная «Алания» стала неизменным участником борьбы за выживание в премьер-лиге.
Последовавшая в 2005-м году развязка шокировала почитателей клуба. Мало того, что по итогам сезона владикавказцы вынуждены были покинуть премьер-лигу – кроме того, выявленные компетентными органами многочисленные юридические и финансовые «нестыковки» в клубных документах, по существу, лишили «Аланию» профессионального статуса. Но Владикавказ не остался без большого футбола. Принявший старт в зоне «Юг» второго дивизиона «Спартак» за один год решил проблему выхода в Первый дивизион. В прошлом сезоне команде вновь вернули ее уже привычное для уха российского болельщика название «Алания». Вследствие нерегулярного финансирования клуб не ставил перед собой больших задач, уверенно сохранив прописку в первом дивизионе. Под руководством бывшего игрока команды Станислава Цховребова неплохо проявили себя по ходу сезона-2007 Касаев, Дубровин, и, безусловно, вернувшийся в родные пенаты Джамбулад Базаев.